种鸡场的种蛋消毒对孵化率、健雏率影响较大。一般来说，种鸡刚产出的种蛋经过泄殖腔时容易被分泌物和排泄物污染，而温度、湿度又很适合，所以细菌繁殖很快。加上种蛋的贮存时间长(一般为5~7天)，细菌繁殖增生的数量更大，若不消毒则细菌很容易侵入蛋内引起种蛋变质。在孵化过程中，细菌还会在卵黄囊内增殖，到孵化中后期因受精卵受细菌感染严重而死亡。带菌雏鸡勉强出壳后，因蛋黄吸收不全，雏鸡脐环呈蓝紫色，卵黄囊壁水肿、腹部膨大，多在2~3日死亡，特别是一些垂直传播的大肠杆菌、沙门氏杆菌会传给后代，生产性能会受到严重影响。因此，必须重视种蛋的消毒。
        具体技术环节如下 :  
        1．蛋盘清洗消毒      每次入孵完的蛋盘都要认真清洗并严格消毒后待用。
        2．捡蛋消毒           这是种蛋消毒最关键的一环，主要杀死蛋壳表面的病原菌。每2小时捡1次种蛋，然后及时放入消毒箱内以每立分米用14克高锰酸钾，加水14毫升，再加福尔马林28毫升熏蒸20分钟后放人种蛋贮存室，待下午捡完最后1次蛋，再用同样的方法熏蒸1次。
       熏蒸时应注意以下2点：
       一是种蛋不能用纸质托盘装载，因纸质托盘可吸收甲醛气体；
       二是熏蒸室内的气体要不断流动，使甲醛气体可以到达每一层的种蛋之间。一般在熏蒸室内安装风扇，促使气体流动。
        3．入孵消毒       种蛋装入孵化器内，立即在温度达到32°C、相对湿度65％~75％时，用甲醛熏蒸消毒 。 甲醛气体对入孵24小时后至未出壳的鸡胚都是有毒的，